Prezando pela independência da sua atuação, Médicos Sem Fronteiras (MSF) prioriza o recebimento de recursos privados. Internacionalmente, 97,2% das doações a MSF têm origem privada, enquanto, no Brasil, esse percentual é de 100%. A organização possui compromisso estatutário de investir um mínimo de 80% em sua missão social.
O uso dos recursos de MSF é rigorosamente controlado, sendo publicado anualmente um Relatório Financeiro, com um balanço dos gastos dos 24 escritórios da organização e de entidades associadas. Toda a contabilidade de MSF-Brasil passa por uma dupla auditoria anual.